Das Prada-Gebäude wirkt im dichten städtebaulichen Gefüge Tokios als kristallartiger Solitär. Sein mit der Raumstruktur verschmolzenes Tragwerk ist Bestandteil des Gesamtkonzeptes. In die feingliedrige Wabenstruktur, die das Gebäude gleichmässig umgibt, sind tragende Stahlprofile integriert. Die Konstruktion lässt auf den ersten Blick einen klassischen curtain-wall vermuten, also eine selbsttragend vorgehängte Fassade. Dieser Eindruck wird durch die liegend angeordneten Rauten verstärkt, die in vertikaler Ausrichtung die Schwerelasten deutlich effizienter abtragen würden. Dazu kommt, dass die Deckenscheiben zurückversetzt auf der Innenseite der Fassadenstruktur enden, obwohl erst diese das Tragsystem als integrierte Zugelemente zu einem Fachwerk vervollständigen.

Die tragende Wabenstruktur der Fassade besteht aus Walzprofilen mit Doppel-T-Querschnitt, die an den Knoten miteinander verschweisst sind. Die Aussenabmessungen der Stäbe sind konstant. Die Blechstärken variieren mit den unterschiedlichen Belastungen. Bei einzelnen Knoten mit sehr hoher Belastung wurde sogar Stahlguss eingesetzt. Einzelne Wabenreihen wurden zur leichteren und schnelleren Montage vorgefertigt und mit einem temporären Schraubanschluss versehen. Zwei Anschlussbleche seitlich der Profile ermöglichen die Fixierung mit Schrauben und lassen den erforderlichen Platz für das Herstellen der Schweissnähte. Nach dem Schweissen wurden die Schraubbleche wieder entfernt. Die Verbindung der Wabenstruktur zu den Decken – welche zusammen mit der Rautenstruktur ein Fachwerk bildet – erfolgt über ein Hohlprofil, das in die Knoten eingeschweisst ist. Als eigentliches Zugelement dient ein Stahlblech entlang der Deckenstirnen.

Die Tragstruktur wölbt sich um die Ecke des Gebäudes und gewährleistet somit die Stabilität der Fassade in den Eckbereichen. In den geraden Bereichen sind die Stabilitätsprobleme der Fassade quer zu ihrer Ebene aber weitaus grösser. Hier helfen wiederum die Deckenscheiben, welche die Knicklängen der Stützen auf Geschosshöhe reduzieren. Ausserdem durchstossen drei Röhren, in denen Umkleidekabinen untergebracht sind, das innere Volumen des Gebäudes. Ihr Querschnitt umfasst jeweils vier Waben der Fassadenstruktur und bietet sich als aussteifenden Raumträger an.